Si dirigimos la mirada hacia la Capilla Mayor, lo primero que llama la atención es cómo el imponente cimborrio ilumina el presbiterio, situado ante el primitivo ábside románico.
El retablo de la Capilla Mayor está dedicado a El Salvador en su Epifanía, advocación de la que toma nombre la Seo. Está tallado en alabastro, y su larga historia constructiva incluyó a varios escultores, resultando una de las mayores obras esculturales góticas de Europa.

Pere Johan lo inició en 1434. En 1467 fue Ans Piet d´Anso quien se encargó de instalar en el cuerpo principal del retablo las escenas de la Epifanía (centro), la Transfiguración en el monte Tabor (izquierda) y la Ascensión (derecha). Más adelante añadió su trabajo Gil Morales, finalizando la obra con el óculo expositor sostenido por ángeles.
A la izquierda del presbiterio, puede ver el sepulcro del arzobispo don Juan I de Aragón, hermanastro del rey Fernando el Católico. No es el único sepulcro en esta zona, ya que encontrará también los enterramientos de los arzobispos don Alonso de Aragón y don Juan II de Aragón, y el que guarda el corazón del príncipe Baltasar Carlos, hijo de Felipe IV, al fondo del muro izquierdo, en una discreta lápida negra.

Esta capilla del ábside izquierdo destaca por su portada plateresca coronada por la escena de La Resurrección de Cristo, del siglo XVI.

El retablo del interior está presidido por la Virgen con niño, tallada en alabastro en el silgo XV por Fortaner de Usesques.

Capilla ubicada en el desaparecido acceso al ábside románico del lado de la Epístola, en el año 1403 ya se documenta su existencia. Su escasa profundidad se debe al corte producido en el ábside en 1577 para construir la “sacristía prima”.

Su portada plateresca, en forma de arco triunfal de medio punto sostenido por pilastras decoradas a “candelieri”, remata con la escena de la Asunción de María a los Cielos. En el interior se encuentra un retablo barroco de madera policromada del siglo XVIII atribuido a Domingo Tris Saz.